多序列比对

MEGA

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目前最新版本为MEGA7,只有64位版本，32位系统可使用MEGA6。
主要功能是序列比对和进化分析。
序列比对可使用Fasta格式文件导入，也可以手动输入，内置ClustalW和MUSCLE两种MSA算法。比对结果可通过Data>export导出为MEGA、Fasta和NEXUS/PAUP格式，前者为MEGA自己用的格式，后两者为绝大多数多序列比对软件支持的格式。


如图，在序列比对窗口的工具栏有图标依次为新建比对文件，打开文件，保存文件，翻译DNA到蛋白质，对选中序列在NCBI做Blast（联网在新窗口打开NCBI的Blast页面），访问Genbank，打开测序文件，ClustalW和MUSCLE比对选中序列，标记选中位点，将标记位点对齐，撤销，复制，剪切，粘贴，删除，删除选中区域的gap，插入新的序列，从文件插入新的序列，移动选中的区域，搜索Motif。

Clustal

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经典的多序列比对程序，有命令行版本ClustalW和图形化界面ClustalX（目前版本为2.0），MEGA中内置的程序即为ClustalW。另外还有新版本Clustal Omega，不过只有命令行版本和服务器版本，目前可在EMBL中使用（传送门）。